8.16. 유전자 탐색기 (Gene Explorer) 도구

주석

K-MOOC은 이 도구에 대해 부분적인 지원을 제공한다.

UMB 생물학과에서 만든 유전자 탐색기 (GeneX)는 전사, 접합, 처리 및 가상의 작은 유전자 핵의 변형을 시뮬레이션한다. GeneX는 학습자가 유전자 시퀀스에 특정 돌연변이를 만들 수 있도록 하며, mRNA와 단백질에 있는 돌연변이 수를 계산하고 이들 돌연변이의 효과를 표시한다.

특히, 유전자 탐색기는 다음을 수행한다.

  1. 촉진제(promoter) 및 종결부위(terminator) 찾기
  2. pre-mRNA를 생산하기 위해 DNA 시퀀스를 읽기
  3. 결합(splice) 사이트 찾기
  4. mRNA결합하기(splice) 및 끼워넣기(tail)
  5. 시작 코돈(codon) 찾기
  6. mRNA 변형하기
Image of the gene explorer.

유전자 탐색기에대한 추가 정보를 위해 The Gene Explorer 를 살펴본다.

8.16.1. 유전자 탐색기 코드

<problem>
<p>Make a single base pair substitution mutation in the gene below that results in a protein that is longer than the protein produced by the original gene. When you are satisfied with your change and its effect, click the <b>SUBMIT</b> button.</p>
<p>Note that a "single base pair substitution mutation" is when a single base is changed to another base; for example, changing the A at position 80 to a T. Deletions and insertions are not allowed.</p>
<script type="loncapa/python">
def genex_grader(expect,ans):
    if ans=="CORRECT": return True
    import json
    ans=json.loads(ans)
    return ans["genex_answer"]=="CORRECT"
</script>
<customresponse cfn="genex_grader">
<editageneinput width="818" height="1000" dna_sequence="TAAGGCTATAACCGAGATTGATGCCTTGTGCGATAAGGTGTGTCCCCCCCCAAAGTGTCGGATGTCGAGTGCGCGTGCAAAAAAAAACAAAGGCGAGGACCTTAAGAAGGTGTGAGGGGGCGCTCGAT" genex_dna_sequence="TAAGGCTATAACCGAGATTGATGCCTTGTGCGATAAGGTGTGTCCCCCCCCAAAGTGTCGGATGTCGAGTGCGCGTGCAAAAAAAAACAAAGGCGAGGACCTTAAGAAGGTGTGAGGGGGCGCTCGAT" genex_problem_number="2"/>
</customresponse>
</problem>

이 코드에서:

  • widthheight 는 픽셀 단위로 응용 프로그램의 크기를 지정한다.
  • genex_dna_sequence 는 문제를 열 때 나타나는 기본 DNA 시퀀스이다.
  • dna_sequence 는 응용 프로그램의 상태 및 학습자의 답안을 포함한다. 이 값은 genex_dna_sequence 와 동일해야 한다.
  • genex_problem_number 는 문제의 번호를 지정한다. 이 수는 MITx 7.00 x 강좌에 있는 5 개의 유전자 편집기 문제를 기반으로 한다 - 예를 들어 7.00 x 강좌에서 두 번째 유전자 편집기 문제처럼 문제를 만들 경우, genex_problem_number 값은 2가 된다. 이 수는 1, 2, 3, 4, 또는 5 이어야 한다.