8.39. Protex 단백질 구성 도구

주석

K-MOOC은 이 도구를 지원하지 않는다.

학습자는 Protex 단백질 구성(protein builder) 도구를 이용, 아미노산을 연결하여 특정 단백질 형상을 만들 수 있다. 다음 예시에서 목표로 하는 단백질 구조는 1개의 단순 직선이다.

Image of the protein builder

8.39.1. 단백질 구성 도구로 문항 만들기

단백질 구성기를 만들려면.

  1. 신규 구성요소 추가 에서 문제 를 클릭한 후 BLANK ADVANCED PROBLEM 을 클릭한다.
  2. 구성요소가 생기면 편집 을 클릭한다.
  3. 아래의 문제 구성요소 코드를 구성요소 편집기에 붙여 넣는다.
  4. 어떠한 요소라도 변경한 경우 저장 을 클릭한다.

8.39.2. 단백질 구성 도구 코드

<problem>
    <p>The protein builder allows you string together the building blocks of proteins, amino acids, and see how that string will form into a structure. You are presented with a goal protein shape, and your task is to try to re-create it. In the example below, the shape that you are asked to form is a simple line.</p>
   <p>Be sure to click "Fold" to fold your protein before you click "Check".</p>

<script type="loncapa/python">

def protex_grader(expect,ans):
  import json
  ans=json.loads(ans)
  if "ERROR" in ans["protex_answer"]:
    raise ValueError("Protex did not understand your answer. Try folding the protein.")
  return ans["protex_answer"]=="CORRECT"

</script>

  <text>
    <customresponse cfn="protex_grader">
      <designprotein2dinput width="855" height="500" target_shape="W;W;W;W;W;W;W"/>
    </customresponse>
  </text>
  <solution>
    <p>
      Many protein sequences, such as the following example, fold to a straight line.You can play around with the protein builder if you're curious.
    </p>
    <ul>
      <li>
          Stick: RRRRRRR
      </li>
    </ul>
  </solution>
</problem>

이 코드에서 :

  • widthheight 는 애플리케이션의 크기를 픽셀 단위로 지정한다.

  • target_shape 는 지정된 순서로 결합되어, 여러분이 학습자에게 생성하라 지시하는 형태를 생성하는 아미노산의 목록이다. 이 목록은 다음 문자만을 포함할 수 있다. 해당 문자는 각 아미노산에 해당하는 1자 코드이다. (이 목록은 단백질 구성기의 좌측 상단에 표시된다.)

    A R N D
    C Q E G
    H I L K
    M F P S
    T W Y V